Né en Hollande, Jan Willem Jansen poursuit des études musicales avec Jan Warmink, Willem Mesdag et Wim van Beek. En 1977 il remporte le diplôme de soliste du Conservatoire Royal de la Haye et se perfectionne au clavecin avec Ton Koopman à Amsterdam. Il s’installe alors en France et travaille auprès de Xavier Darasse dont il devient le collaborateur pédagogique au Conservatoire de Toulouse.
    Il est également cofondateur du département de musique ancienne de cet établissement, et assure, aux côtés de Michel Bouvard, la responsabilité du nouveau département supérieur " Orgues et Clavecins ".
    En plus de son rôle d’enseignant son activité d’interprète l’a amené à jouer avec les meilleurs ensembles baroques européens, notamment La Chapelle Royale de Paris, Le Collegium Vocale de Gand (Philippe Herreweghe), Hesperion XX de Barcelone (Jordi Savall), Les Sacqueboutiers, et l’Ensemble Baroque de Limoges (Christophe Coin) . Il est également titulaire de l’orgue Ahrend du Musée des Augustins et de la Basilique Notre-Dame de la Daurade à Toulouse.
    À l’occasion du Festival Toulouse les Orgues 1997, il a enregistré dans la collection Tempéraments l’intégrale de l’œuvre d’orgue de Bruhns complétée par des cantates du même compositeur interpétées par le Parlement de Musique sous la direction de Martin Gester. En 1998, il enregistre Cabanilles sur l’orgue historique de l’Église San Pablo de Saragosse.